*** NO ENCONTRÉ EL LINK PARA ESTE ARTÍCULO, ASÍ QUE AQUÍ DEJO EL ENSAYO*** Enrique Martínez Carranza Population Genomics: How bacterial species form and why they don´t exist
Tratando de entender el concepto de especies, que es complicado en bacteria, se habla del modelo del ecotipo, específicamente de la selección periódica, que es lo que sucede cuando en una población finita de organismos no recombinantes en un nicho estable, se origina una mutante que es más capaz de usar los recursos del nicho y a través de selección todos los organismos en la población serán descendientes directos de este ancestro mutante favorecido. La población permanece genéticamente cohesiva mientras diverge de otras poblaciones ecológicamente diferenciadas. Aquí exponen trabajos realizados con especies de Vibrio, donde se observaron grupos de microdiversidad y donde después encontraron numerosas poblaciones ecológicamente numerosas en diferentes niveles de distinción filogenética, dentro de la especie llamada V. splendidus. De acuerdo al modelo del ecotipo, cualquier gen debería dar la misma filogenia entre los individuos de la población, sin embargo encontraron alta variabilidad y que los SNPs se encuentran principalmente en forma de "ecoSNPs" y encontraron además que sólo aquellos alelos responsables de la diferenciación ecológica fueron fijados en las poblaciones definidas por el hábitat. Por lo anterior se da mucha importancia a la capacidad de recombinación entre las bacterias, que siempre son potencialmente capaces de captar material genético de otras poblaciones, fijándose sólo lo que les ayuda adaptativemente.
Una pregunta muy importante en ecología microbiana ha sido identificar la función de los grupos que componen las comunidades, así como las interacciones y su papel en la dinámica ecológica. Típicamente, ha sido muy difícil medir estas cualidades en microorganismos debido a su tamaño y a que la mayoría de las interacciones se dan de forma indirecta por medio de diversos metabolitos que son difíciles de detectar. Este trabajo presenta una metodología que intenta relacionar una función con la filogenia de los diversos grupos de bacterias. Aunque los autores presentan una serie de resultados particulares son interesantes, me parece que en términos generales eran esperados. En este sentido, ya es conocido que entre y dentro de los diferentes clados existe una gran variabilidad funcional y aunque los autores logran resolver la contribución funcional hasta nivel de familia, me parece insuficiente si no se llega a distinguir a nivel de género o especies. Igualmente, me parece que el método es complicado para aplicar rutinariamente debido a las complicaciones metodológicas. Sin embargo, el método representa un primera aproximación útil para definir con certeza las características funcionales de los grupos y esta información puede ser útil para después investigar más a fondo los grupos más relevantes por medio de técnicas de microbiología clásica.
Grisel Córdova Villalba Phylogenetic organization of bacterial activity La filogenia es uno de los métodos más comunes para clasificar a los organismos, y resultan ciertas agrupaciones si comparten características ecológicas o funcionales. Sin embargo para bacterias, este método puede ser algo desconfiable debido a los mecanismos de transferencia horizontal de genes por ejemplo. Una de las cosas que hace falta tomar en cuenta es la diferencia de metabolismos y lo que proponen es hacer una filogenia tomando en cuenta la variación cuantitativa de las funciones microbianas. Lo hacen por una técnica que usa isótopos y miden la actividad de las bacterias de la tierra. Miden el cambio de densidad de cada taxón causado por la incorporación del isótopo durante la incubación. Como la incorporación del isótopo es directamente proporcional a los cambios que se dan en su densidad este método permite cuantificar la actividad bacteriana. El objetivo del estudio era ver si la actividad de cada taxa en la tierra mostraba una organización filogenética. Se midi+o crecimiento y asimilación de glucosa. Estas medidas de actividad bacteriana fueron agrupadas por medio de un árbol fiologenético del gen 16S rRNA. Y los resultados muestran evidencia de que la historia evolutiva bacteriana tiene una considerable influencia en la actividad de bacterias en comunidades de tierra. El hecho de que las actividades microbianas estén agrupadas a nivel de filum sugiere que la variación de las actividades bacterianas surgen de diferencias fisiológicas y ecológicas.
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ResponderBorrarEnrique Martínez Carranza
Population Genomics: How bacterial species form and why they don´t exist
Tratando de entender el concepto de especies, que es complicado en bacteria, se habla del modelo del ecotipo, específicamente de la selección periódica, que es lo que sucede cuando en una población finita de organismos no recombinantes en un nicho estable, se origina una mutante que es más capaz de usar los recursos del nicho y a través de selección todos los organismos en la población serán descendientes directos de este ancestro mutante favorecido. La población permanece genéticamente cohesiva mientras diverge de otras poblaciones ecológicamente diferenciadas.
Aquí exponen trabajos realizados con especies de Vibrio, donde se observaron grupos de microdiversidad y donde después encontraron numerosas poblaciones ecológicamente numerosas en diferentes niveles de distinción filogenética, dentro de la especie llamada V. splendidus. De acuerdo al modelo del ecotipo, cualquier gen debería dar la misma filogenia entre los individuos de la población, sin embargo encontraron alta variabilidad y que los SNPs se encuentran principalmente en forma de "ecoSNPs" y encontraron además que sólo aquellos alelos responsables de la diferenciación ecológica fueron fijados en las poblaciones definidas por el hábitat.
Por lo anterior se da mucha importancia a la capacidad de recombinación entre las bacterias, que siempre son potencialmente capaces de captar material genético de otras poblaciones, fijándose sólo lo que les ayuda adaptativemente.
Phylogenetic organization of bacterial activity
ResponderBorrarUna pregunta muy importante en ecología microbiana ha sido identificar la función de los grupos que componen las comunidades, así como las interacciones y su papel en la dinámica ecológica. Típicamente, ha sido muy difícil medir estas cualidades en microorganismos debido a su tamaño y a que la mayoría de las interacciones se dan de forma indirecta por medio de diversos metabolitos que son difíciles de detectar. Este trabajo presenta una metodología que intenta relacionar una función con la filogenia de los diversos grupos de bacterias. Aunque los autores presentan una serie de resultados particulares son interesantes, me parece que en términos generales eran esperados. En este sentido, ya es conocido que entre y dentro de los diferentes clados existe una gran variabilidad funcional y aunque los autores logran resolver la contribución funcional hasta nivel de familia, me parece insuficiente si no se llega a distinguir a nivel de género o especies. Igualmente, me parece que el método es complicado para aplicar rutinariamente debido a las complicaciones metodológicas. Sin embargo, el método representa un primera aproximación útil para definir con certeza las características funcionales de los grupos y esta información puede ser útil para después investigar más a fondo los grupos más relevantes por medio de técnicas de microbiología clásica.
Grisel Córdova Villalba
ResponderBorrarPhylogenetic organization of bacterial activity
La filogenia es uno de los métodos más comunes para clasificar a los organismos, y resultan ciertas agrupaciones si comparten características ecológicas o funcionales. Sin embargo para bacterias, este método puede ser algo desconfiable debido a los mecanismos de transferencia horizontal de genes por ejemplo. Una de las cosas que hace falta tomar en cuenta es la diferencia de metabolismos y lo que proponen es hacer una filogenia tomando en cuenta la variación cuantitativa de las funciones microbianas. Lo hacen por una técnica que usa isótopos y miden la actividad de las bacterias de la tierra. Miden el cambio de densidad de cada taxón causado por la incorporación del isótopo durante la incubación. Como la incorporación del isótopo es directamente proporcional a los cambios que se dan en su densidad este método permite cuantificar la actividad bacteriana.
El objetivo del estudio era ver si la actividad de cada taxa en la tierra mostraba una organización filogenética. Se midi+o crecimiento y asimilación de glucosa.
Estas medidas de actividad bacteriana fueron agrupadas por medio de un árbol fiologenético del gen 16S rRNA. Y los resultados muestran evidencia de que la historia evolutiva bacteriana tiene una considerable influencia en la actividad de bacterias en comunidades de tierra.
El hecho de que las actividades microbianas estén agrupadas a nivel de filum sugiere que la variación de las actividades bacterianas surgen de diferencias fisiológicas y ecológicas.