Genome-wide selective sweeps and gene-specific sweepsin natural bacterial populations.
Dos modelos evolutivos intentan explicar la distribución de los genes adaptativos en las poblaciones bacterianas y como se mantiene la diversidad genética, estos modelos son: genome-wide selective sweeps y gene-specific sweeps. En este estudio utilizaron metagenómica para explorar la dinámica del genoma y el proceso de diversificación de grupos bacterianos en un periodo de 9 años. Se observó que la purga de heterogeneidad genética de una de estas poblaciones, identificada por cambios en las frecuencias de SNPs, puede estar dada por el modelo genome-wide sweeps, proceso del cual hasta ahora no se había reportado in situ. Sin embargo en otras poblaciones se encontró mejor explicación en el modelo gene-specific sweeps. Los diferentes mecanismos mediante los que se lleva a cabo la distribución de los genes en las poblaciones pueden estar co-ocurriendo al mismo tiempo y no necesariamente sólo un modelo puede aplicarse a la vez.
En este artículo se evaluaron las tasas de polimorfismos SNP de poblaciones de bacterias, para entender la dinámica de las tasas de pérdida y ganancia de genes. Para abordar el tema, se realizaron análisis metagenómicos de las poblaciones de bacterias a diferentes tiempos. Lo que encontraron fue que muchos polimorfismos de simple nucleótido fueron mantenidos a lo largo del tiempo, mientras que otros genes se fueron perdiendo. En artículo, los autores retoman el concepto de ecotipo como el proceso que ayuda a explica sus resultados. El modelo de ecotipo propone que existen barridos de genoma, aunque no se ha demostrado en la naturaleza, sin embargo, otro modelo propone que debido a una tasa de recombinación alta, los genes ventajosos son intercambiados entre miembros de poblaciones sin tener un barrido de genoma. Lo que la literatura reporta es que existen numerosos polimorfismos que surgen y se pueden mantener durante miles de generaciones. De manera más natural, el estudiar poblaciones, donde existe una mayor complejidad del sistema podría ayudar a entender cómo responde el genoma. En este caso, la participación de transferencia horizontal de genes, la captación de DNA, la interacción con virus. La importancia del artículo radica en un enfoque más amplio en términos de condiciones ambientales que, a diferencia de las condiciones del laboratorio tienen un efecto en las tasas de mutación, crecimiento y recombinación del genoma. En el artículo, se encontró que muchas de las poblaciones secuencias-discretas y tienen algún nivel de diversidad genética, lo que implica que poblaciones secuencia-discreta pueden tener alta similitud dado sus roles genéticos similares. A nivel intra poblacional, encontraron una gran diversidad entre los grupos filogenéticos incluyendo poblaciones provenientes del mismo género. Para entender este resultado, sugieren que poblaciones con pocas SNP pudieron haber inmigrado más recientemente y tienen menos tiempo de diversificarse o que pudiera haber menor tasa de mutación. Sin embargo, en el artículo se menciona el caso del genero Chlorobium, el cual a lo largo del tiempo se pudo observar un proceso de barrido genético, que no se había notado en otro género. Con ello, el articulo propone que la es posible observar no solo barridos de genes específicos, sino que también barridos a nivel genoma.
Enrique Martínez Carranza
ResponderBorrarGenome-wide selective sweeps and gene-specific sweepsin natural bacterial populations.
Dos modelos evolutivos intentan explicar la distribución de los genes adaptativos en las poblaciones bacterianas y como se mantiene la diversidad genética, estos modelos son: genome-wide selective sweeps y gene-specific sweeps. En este estudio utilizaron metagenómica para explorar la dinámica del genoma y el proceso de diversificación de grupos bacterianos en un periodo de 9 años.
Se observó que la purga de heterogeneidad genética de una de estas poblaciones, identificada por cambios en las frecuencias de SNPs, puede estar dada por el modelo genome-wide sweeps, proceso del cual hasta ahora no se había reportado in situ.
Sin embargo en otras poblaciones se encontró mejor explicación en el modelo gene-specific sweeps.
Los diferentes mecanismos mediante los que se lleva a cabo la distribución de los genes en las poblaciones pueden estar co-ocurriendo al mismo tiempo y no necesariamente sólo un modelo puede aplicarse a la vez.
En este artículo se evaluaron las tasas de polimorfismos SNP de poblaciones de bacterias, para entender la dinámica de las tasas de pérdida y ganancia de genes. Para abordar el tema, se realizaron análisis metagenómicos de las poblaciones de bacterias a diferentes tiempos. Lo que encontraron fue que muchos polimorfismos de simple nucleótido fueron mantenidos a lo largo del tiempo, mientras que otros genes se fueron perdiendo. En artículo, los autores retoman el concepto de ecotipo como el proceso que ayuda a explica sus resultados.
ResponderBorrarEl modelo de ecotipo propone que existen barridos de genoma, aunque no se ha demostrado en la naturaleza, sin embargo, otro modelo propone que debido a una tasa de recombinación alta, los genes ventajosos son intercambiados entre miembros de poblaciones sin tener un barrido de genoma. Lo que la literatura reporta es que existen numerosos polimorfismos que surgen y se pueden mantener durante miles de generaciones.
De manera más natural, el estudiar poblaciones, donde existe una mayor complejidad del sistema podría ayudar a entender cómo responde el genoma. En este caso, la participación de transferencia horizontal de genes, la captación de DNA, la interacción con virus.
La importancia del artículo radica en un enfoque más amplio en términos de condiciones ambientales que, a diferencia de las condiciones del laboratorio tienen un efecto en las tasas de mutación, crecimiento y recombinación del genoma.
En el artículo, se encontró que muchas de las poblaciones secuencias-discretas y tienen algún nivel de diversidad genética, lo que implica que poblaciones secuencia-discreta pueden tener alta similitud dado sus roles genéticos similares. A nivel intra poblacional, encontraron una gran diversidad entre los grupos filogenéticos incluyendo poblaciones provenientes del mismo género. Para entender este resultado, sugieren que poblaciones con pocas SNP pudieron haber inmigrado más recientemente y tienen menos tiempo de diversificarse o que pudiera haber menor tasa de mutación.
Sin embargo, en el artículo se menciona el caso del genero Chlorobium, el cual a lo largo del tiempo se pudo observar un proceso de barrido genético, que no se había notado en otro género. Con ello, el articulo propone que la es posible observar no solo barridos de genes específicos, sino que también barridos a nivel genoma.